Rade Krunic nasce a Foča, in Bosnia ed Erzegovina, il 7 ottobre 1993. Cresce calcisticamente nel suo paese natale, prima di trasferirsi, nel 2013 in Serbia. Nell'estate del 2014 viene acquistato dal Verona, che però lo fa restare al Donji Srem. Dopo una sola stagione, il Verona lo cede a titolo definitivo al Borac Čačak. Nel 2015 sbarca in Italia, acquistato dall'Empoli. Esordisce in Serie A il 4 ottobre e realizza la prima rete 20 giorni dopo, contro il Genoa. Rimarrà in Toscana fino al 2019, giocando tre stagioni in Serie A e una in Serie B. L'8 luglio 2019 passa al Milan. Utilizzato inizialmente da riserva, Krunic mette in mostra la sua principale qualità: la duttilità. Da Stefano Pioli viene utilizzato con vero e proprio jolly di centrocampo, giocando da mediano, da mezzala e anche da trequartista. È protagonista anche nell'anno dello Scudetto del Milan, totalizzando 28 presenze in Serie A e 35 nella stagione e concludendo l'annata da titolare. Nel settembre 2022, nonostante non abbia mai avuto la titolarità garantita in rossonero, Krunic dimostra di credere molto nel progetto, rinnovando il suo contratto fino al 2025.